Мы для учета в реальном времени используем
http://www.getharvest.com/, наши дотнетчики написали тулзу которая автоматически в конце дня переносит время из харвеста в аттаск, благо и там, и там API открытый)
но вообще поинт в том, что гораздо удобнее иметь все это во вкладках браузера, чем пользоваться какими-то софтинками)